خانواده تیم‌های تاج
در دهه ۱۳۴۰، باشگاه تاج و شاهین، اولین باشگاه‌هایی بودند که در ایران مدرسه فوتبال راه‌اندازی کردند.[۴۰] بازیکنان این مدارس فوتبال، پشتوانه‌ای برای آینده باشگاه بودند.[۴۰] باشگاه تاج در آن زمان پشتوانه مالی خوبی داشت،[۴۰] و در بیشتر شهرستان‌ها دارای شعبه بود.[۴۰][۴۱] اهواز، رشت،مسجدسلیمان و همدان از جمله این شهرها بودند.[۴۰] این شعبه‌ها، حتی پس از پیروزی انقلاب نیز بنیان باشگاه استقلال را تشکیل می‌دادند.[۴۱]
یکی از شعبه‌های موفق، تاج اهواز بود که از همان ابتدا گروهی از بازیکنان خوب استان خوزستان را داشت و حتی توانست امتیاز لازم برای صعود به جام تخت جمشید ۱۳۵۲ را بدست‌آورد، اما چون مطابق قانون تنها یک تیم از هر باشگاه می‌توانست در بالاترین دسته بازی کند؛ (و تاج تهران نیز در این دسته بود) از صعود باز ماند.[۴۲] دو سال پیش از آن نیز، تاج مسجدسلیمان در سال ۱۳۵۰ در جام منطقه‌ای ایران شرکت کرده‌بود و در میان ۸ تیم، ششم شده‌بود.[۴۳]
پس از انقلاب نیز، استقلال رشت (که زیر نظر شهرداری رشت بود)[۴۴] و استقلال اهواز در رده‌های بالای لیگ فوتبال ایران حضور داشتند. بعدها امتیاز استقلال رشت به پگاه گیلان فروخته شد، اما استقلال اهواز تاکنون در فوتبال ایران حضور دارد. با این که استقلال اهواز، برخلاف استقلال تهران توسط بخش خصوصیمدیریت می‌شود[۴۵] و دو باشگاه ارتباطی با هم ندارد، گاهی «برادر» یکدیگر خوانده می‌شوند.
تیم‌های پایه
تیم‌های پایه استقلال در چهار رده سنّی امید، جوانان، نوجوانان و نونهالان است.
تیم زنان
باشگاه تاج، نخستین باشگاه فوتبال در ایران بود که برای زنان کلاس فوتبال تمرینی گذاشت و از پیشگامان فوتبال زنان در ایران بود.[۴۹] در تابستان ۱۳۸۷، رئیس کمیته بانوان فدراسیون فوتبال ایران از این باشگاه درخواست کرد تا در لیگ شرکت کند.[۵۰] در بهمن ۱۳۸۷، خبر بازی دوستانه تیم نوجوانان پسر (به مربیگری علیرضا منصوریان) و تیم دختران استقلال منتشر شد. این واقعه پس از انقلاب بی‌سابقه بود و جنجال و واکنش‌های بسیاری برانگیخت.[۵۱][۵۲] این بازی دوستانه، منجر به انحلال تیم زنان استقلال شد.
ورزشگاه و دارایی